Como ya os contamos anteriormente, los bonsáis no son árboles genéticamente más pequeños que el resto sino que son el resultado de diferentes actividades de mantenimiento como la poda de sus hojas, tronco y raíces cada cierto tiempo. Por ello, existen bonsáis de diferentes tamaños, aunque ninguno deberá superar los cien centímetros de altura.

Así, la clasificación de los bonsáis por tamaño obedece a los siguientes nombres -todos provenientes de Japón-:

• Shito o Keshitsubu: es el más pequeño que existe y comprende aquellos de menos de 5 cm. de altura. Son muy escasos.
• Mame: va de 5 a 15 cm. Se traduce como «bonsái que cabe en la palma de la mano».
• Shohin: entre 13 y 20 cm. Son los más habituales.
• Komono: de los 20 a los 40 cm. Este tamaño también es muy habitual.
• Chumono: de los 40 a los 80 cm. Tienen un tamaño mediano.
• Omono: entre los 80 y los 100 cm. Son el tamaño más grande.
• Hachi-uye: existen muchas dudas sobre si puede ser considerado como bonsái, ya que tiene un tamaño de unos 130 cm. En Japón se le conoce como árboles con modelado de bonsái y, en occidente, como árboles de jardín.